У статті аналізуються зміни у теоретико-методологічних настановах наукового атеїзму радянської України другої половини 1980-х рр. Автор виділяє наступні фактори, що вплинули на трансформації у науковому атеїзмі: лібералізація державно-церковних відносин, десекуляризація та суспільна критика атеїзму. На основі аналізу опублікованих та архівних джерел робиться висновок про ідеологічний характер наукового атеїзму. Зміни, що відбулися у науковому атеїзмі часів Перебудови, стали важливим чинником у постанні сучасного українського релігієзнавства.